真核生物的基因组DNA以染色质的方式存在。因而，研讨蛋白质与DNA在染色质环境下的相互作用是说明真核生物基因表达机制的根本途径。染色质免疫沉积技能（chromatin immunoprecipitation assay, CHIP )是现在仅有研讨体内DNA与蛋白质相互作用的办法。是在活细胞状态下固定蛋白质-DNA复合物，并将其随机堵截为必定长度范围内的染色质小片段，然后经过免疫学办法沉积此复合体，特异性地富集意图蛋白结合的DNA片段，经过对意图片段的纯化与检测，然后取得蛋白质与DNA相互作用的信息。CHIP与基因芯片相结合树立的CHIP-on-chip办法已大范围的使用在特定反式因子靶细胞的高通量挑选CHIPseq取得全基因组范围内与组蛋白、转录因子等互作的DNA区段信息

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